肝癌伴腹水、黄疸、远处转移等情况时，称为晚期肝癌。
对肝癌伴腹水者，可先予中药或西药利尿剂治疗，腹水消退后，根据肝内肿瘤情况，仍可按上法治疗。如为血性腹水，则不易消退；门静脉或肝静脉有癌栓者，予中西药利尿剂不易见效。如肝癌结节破裂出血，应予止血处理，同时采用腹部加压包扎。
肝癌伴黄疽者，如系肝门区肿块压迫所致阻塞性黄疽，可采用局部放射治疗，或局部瘤内注射、或介入治疗，或内支架或外引流；如系非黄疸，可予中医药治疗、保肝治疗。
对肝癌有肺转移者，如肝癌原发灶已控制，只有单个肺转移灶，可考虑切除，或局部放射治疗。如系多个转移灶，或弥漫两肺者，可考虑放射治疗（全肺野照射），或化学治疗、生物治疗。如肝癌原发灶未治疗，或治疗未见控制，转移灶为单个，或较为局限，亦可考虑放疗。
如全肺弥漫转移者，则可采用生物治疗或化学治疗、中医药治疗。
晚期肝癌骨转移，如转移灶为单个或几个，可采用放射治疗。如骨转移广泛，可予化疗药物、生物治疗或放射性核素治疗，亦可予骨膦、阿可达等治疗。
对门静脉、肝静脉、下腔静脉有癌栓者，可试用肝动脉灌注化疗，一般不采用肝动脉栓塞，可用生物治疗或中医药治疗。